兽药化工瓶的主要灭菌方法主要有以下几种：
第一，环氧乙烷灭菌。环氧乙烷主要是采用环氧乙烷气体灭菌，该灭菌方式能够有效杀灭所有微生物，包括细菌芽孢；灭菌物品可以被包裹，整体封装，可以保持塑料瓶在使用前呈无菌状态；不腐蚀金属、塑料和橡胶；能够有效穿透不规则的物品。
第二，高温灭菌。主要是利用高温杀灭细菌，可同时杀灭细菌和细菌芽孢。
第三，钴60辐照灭菌。辐射可以直接破坏微生物的细胞核，穿透能力很强，辐照时可以保证产品所有部位都可以受到均匀的照射，灭菌彻底；辐照灭菌无污染、无残留、方便、快捷。